Süt endüstrisi için sorun olan Candida türü mayaların tanımlanması ya da yanlış tanımlanması mümkün mü?
Türkiye İstatistik Kurumu (TÜİK), Aralık 2016’da ticari süt işletmelerince 737 bin 789 ton inek sütü toplandığını ve toplanan inek sütü miktarının bir önceki yılın aynı ayına göre %1,2 arttığını açıklamıştır. Aynı zamanda içme sütü üretimi 140 bin 890 ton olarak gerçekleşmiş ve bir önceki yıla göre %8,8 artış göstermiştir. İnek sütünden peynir üretiminin ise 54 bin 163 ton ile bir önceki yılın aynı ayına göre %6,2 arttığı belirlenmiştir. Yine koyun, keçi, manda ve karışık sütlerden elde edilen peynir çeşitleri 261 ton ile bir önceki yılın aynı ayına göre %22,4 azalmıştır. Yoğurt ve ayran üretimi ise sırasıyla 90 bin 403 ton ve 53 bin 515 ton olarak belirlenmiş ve bir önceki yıla göre sırasıyla %1,7 ve %3,1 oranında artmıştır.
Süt ve süt ürünleri endüstrisi
Rakamlar süt ve süt ürünleri endüstrisinin, Türkiye gıda endüstrisi içinde önemli bir yer tuttuğunu göstermektedir. Süt ve süt ürünleri üretiminden sorumlu işletmeler için olası gıda bozulmaları oluşmadan önce bu bozulmaların kaynağı olabilecek mikroorganizmaların klasik veya moleküler yöntemlerle saptanabilmesi ve tanımlanabilmesi mümkün görünmektedir. Özellikle moleküler yöntemlerin bu amaçla kullanımı yanlış tanımlamaların kolayca önüne geçebilecektir. Gıda bozulma riskinin önlenmesi ve böylece ekonomik kayıplara neden olmasına izin vermemek, süt endüstrisi ile bu alanda çalışan araştırmacıların ortak çabası ile olabilecektir.
Örneğin Candida famata diğer adıyla Torulaspora hansenii; Debaryomyces hansenii (NCBI taksonomi no: 4959) özellikle pastörizasyon ve homojenizasyon işlemleri gerçekleştirilmeden elde edilen süt ürünlerinde olmak üzere gıdalarda yaygın olarak bulunmakta ve bozulmaya neden olmaktadır. Candida famata basit yalancı miselyum oluşumu tomurcuklanma şeklinde üreme yeteneğine sahip bir mayadır. C. famata aynı zamanda fırsatçı fungal bir insan patojenidir; diğer bir deyişle normal insan mikrobiyal florasında bulunan bu mayaların uygun çevre koşulları oluştuğunda yine insan için hastalık yapıcı bir mikroorganizma olabileceği bilinmektedir.
Candida türü mayaların tanımlanmasında yeni teknikler
Literatürde karşılaşılan son yayınlar, başlangıçta fenotipik yöntemlerle C. famata olarak tanımlanan izolatların; moleküler teknikler kullanılarak yapılan genotipik tanımlama çalışmalarında C. guilliermondii, C. lusitaniae, C. fermentati, C. intermedia ve C. palmioleophila suşları olduğunu kanıtlamıştır. C. famata‘nın bildirilenden daha az yaygın olabileceği görüşü, daha önce C. famata olarak tanımlanan beş izolatın moleküler yöntemlerle üç farklı Candida türü (C. guilliermondii, C. lusitaniae ve C. parapsilosis) olduğu saptanınca, kuvvetlenmiştir. Bu geçmişe dayanarak, yeni tekniklerin özellikle süt ve süt ürünleri üretiminden sorumlu gıda sanayiinde ve klinik vakalarda Candida cinsi mayaların tür düzeyinde tanımlanması için kullanılması gerekliliği ortaya çıkmıştır.
Candida mayalarının cins veya tür düzeyinde tanımlanması için iyi bilinen laboratuvar testlerinin çoğu, zaman alıcı ve zahmetli olan kültür elde etme temelli yöntemlerdir. Ayrıca bu yöntemlerle elde edilen sonuçlar bazen yanıltıcı olmaktadır. Son zamanlarda yapılan çalışmalar, mayanın genetik materyali deoksi ribonükleik asit (DNA) analizine dayalı olan gerçek zamanlı kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qPCR) gibi moleküler yöntemlerin, incelenen gıda numunelerden ayrıca izolasyona ihtiyaç duymadan mikroorganizmanın saptanmasında yararlı olduğunu göstermiştir. Özellikle süt endüstrisinde yetersiz ısıl işlem uygulanmasından kaynaklı problem olan Candida cinsi mayaların DNA’sını saptayarak tanımlayabilmek amacıyla çeşitli qPCR testleri geliştirilmiştir. Bu yöntemde yüksek oranda korunan nükleer ribozomal DNA (rDNA) dizileri türe özgü güvenilir belirteçler olarak kullanılmaktadır. Bu bölgeler hedef alınarak çoğaltılmakta ve elde edilen çoğaltma ürünlerinin farklılığının belirlenmesi ile Candida cinsi mayaları tür düzeyinde tanımlamak yüksek doğrulukta mümkün olmaktadır.
DNA’ya dayalı qPCR yönteminin özgüllüğü ve duyarlılığı sayesinde C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. lusitaniae, C. krusei, C. guilliermondii ve C. dubliniensis olmak üzere sekiz adet Candida cinsi mayanın saptanması ve farklılıklarının ortaya konması gerçek zamanlı PCR testleri kullanılarak kolayca yapılması mümkündür.
Hacettepe Üniversitesi Mühendislik Fakültesi
Gıda Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi
(66)
